le fait que

Exemple

Le fait qu'il soit arrivé en retard a été remarqué. / Le fait qu'il est arrivé en retard est incontestable.

Pourquoi

Les deux modes se rencontrent, et l'usage penche pour le subjonctif, surtout en tête de phrase. L'indicatif reste correct quand on insiste sur la réalité du fait. C'est l'une des rares tournures où les deux se défendent vraiment.